L' Atletico Ct. quindi , nella stagione 1987/88 , partecipò per la prima volta ad un campionato professionistico di serie C2 (girone D) . Tutte le partite si disputarono sul manto erboso del “Cibali” . Il girone D di C2 era composto da molte società siciliane (Palermo, Giarre, Siracusa, Trapani) e da squadre molto ostiche per questi campionati come la Juve Stabia la Turris o la Cavese . Nonostante il difficile campionato l' Atletico Ct. riuscì ha farsi valere e raggiunse un' importante salvezza con il 10° posto nella classifica finale . La foto accanto riporta la formazione atletista durante la trasferta nel derby contro il Siracusa .

Il secondo campionato di C2 del 1988/89 l' Atletico Catania lo disputò invece a Lentini . Tenendo conto che la Leonzio nel 1988 era fallita e visto il poco pubblico che riusciva a racimolare l' Atletico al Cibali , in un costoso campionato di C2 , il Cav. Salvatore Tabita fù costretto , per non portare al fallimento la società , nell' amara decisione di effettuare questo trasferimento a Lentini . L' Atletico Ct. giocò un ottimo campionato e raggiunse il 4° posto finale. Finito il campionato iniziò però un periodo di crisi e dopo una lunga trattativa , sostenuta dal segretario generale Arturo Barbagallo, arriva un nuovo presidente l' ex dirigente del Catania Calcio Franco Proto . Proto era l' unico presidente che aveva quello di cui c' era di bisogno i "soldi" , ma il suo unico e vero obbiettivo era quello di riportare l' Atletico , nel giro di qualche anno, nella città di appartenenza : Catania.

Dal 1989/90 alla stagione del 92/93 , anno della grande impresa con il passaggio alla C1, l' Atletico militò in C2 disputando dei buoni campionati e sempre sotto la presidenza di Proto. Proprio in occasione del primo campionato di C1 del 1993/94 (che grazie ai goal di Calvaresi e al buon tecnico Salvatore Bianchetti si raggiunse la salvezza ) che Franco Proto si rese conto che era arrivato il momento , visto l' importanza di un campionato come la C1, di riportare l' Atletico a Catania . Nell' estate del 1993 la città di Catania era rimasta senza calcio per l’estromissione del Catania dal campionato di C1 da parte della Lega . Franco Proto , sollecitato dall' amministrazione comunale e in prima persona dal sindaco Bianco , non potendo effettuare subito il trasferimento fondò il Catania 93' . Il presidente Proto quindi accolse la proposta è convinto che avrebbe , con il suo gesto , conquistato Catania e i suoi tifosi organizzò un’ amichevole al Cibali facendo giocare le sue due squadre , La Leonzio e il Catania 93 ; ebbe una grande accoglienza dai tifosi della Falange (curva sud) e da tutto lo stadio . Proto era commosso , mai avrebbe immaginato che pochi giorni dopo , alla riammissione del Catania al campionato d' Eccellenza del 93/94 , la gente gli avrebbe rivoltato le spalle "politici in testa" . Il Catania 93' nonostante tutto disputò al Cibali un grande campionato (serie D del 93/94) sfiorando la promozione in C2 . L' anno dopo si effettuò lo scambio : in pratica Franco Proto riportò l' Atletico a Catania e alla città di Lentini cedette il suo Catania 93' con la nuova  denominazione di S.S. Leonzio .

Nel campionato di C1 del 1994/95 l' Atletico Catania " tornato finalmente nella città natìa" raggiunse la salvezza con il 12° posto finale ; ci furono diversi problemi che portarono all' esonero del duo Auteri - Lombardo prima e del tecnico Caramanno dopo . Ma fortunatamente a metà  stagione con il ritorno del tecnico Paolo Lombardo e l' arrivo di rinforzi (il portiere Graziano Vinti , Mattia Collauto e Angelo Ferraro) si riuscì a raggiungere la salvezza . Da ricordare i tanti goal di Calvaresi e l' esplosione di un giovane come Mattia Collauto , senza dimenticarsi del capitano De Amicis.

Nella stagione 1995/96 il presidente Franco Proto decise di allestire una squadra in grado di lottare per i Play/Off . Il Direttore Sportivo Adriano Polenta e il nuovo tecnico Francesco D' Arrigo allestirono un' ottimo organico che a fine stagione , dopo una grande rimonta nel girone di ritorno , sfiorò i Play/off con il 7° posto finale . Indimenticabile la sconfitta in casa , la penultima di campionato , contro la Nocerina per 2 - 0 che in pratica non permise all' Atletico Catania di inserirsi nel quinto posto . Da ricordare , oltre all' ottimo allenatore D' Arrigo, giocatori come : il portiere Nicola Di Bitonto , Fabio Bonadei , Loris Del Nevo , Pietro De Sensi , Marco Moro , Carlo Troscè , Gaetano Calvaresi e Umberto Marino (chiamato dai tifosi " mucca pazza"). 

Vista la delusione per il mancato accesso ai Play/Off nella stagione 1996/97 Franco Proto decide di allestire una super squadra che possa lottare al vertice. Viene incaricato nel difficile lavoro un Direttore Sportivo molto esperto come Enzo Nucifora e come tecnico si decise di chiamare Orazi . Arrivarono a Catania grandi giocatori : dalla Juventus arrivò il portiere Lorenzo Squizzi , vennero aquistati i difensori Massimiliano Farris e Giovanni Paschetta (Cosenza) , al centrocampo arrivarono : Luigi Bugiardini e Massimiliano Favo (Lucchese) ; in attacco arrivò Franco Lerda (Brescia) e Claudio Cecchini (Ancona) . La squadra era forte in ogni reparto però non riuscì subito ad ingranare ed a metà stagione Orazi venne esonerato . Venne chiamato a Catania un nuovo allenatore : lo svizzero Roberto Morinini che con grande impegno e sapienza trasformò la difesa atletista in un vero e proprio bunker (a fine stagione l' Atletico Ct con i suoi 15 gol al passivo fù la difesa meno perforata dalla serie A alla C2) e con una grande rimonta si raggiunse il quarto posto finale e si ottenne l' accesso per i Play/Off  poi persi contro il Savoia ( andata 0 - 0 , ritorno 1 - 0 al S.Paolo di Napoli) . Fù una stagione indimenticabile soprattutto per il grande pubblico che per la prima volta riuscì ad attirare l' Atletico al Cibali e si raggiunse ovviamente il record di presenze in occasione dei play/off contro il Savoia dove c' erano 20.000 spettatori. Nella partita di andata , finita 0 - 0, un episodio poteva cambiare il volto della partita echissà pure la storia : sul finire del primo tempo Franco Lerda con una grande punizione colpisce in pieno la traversa e il pallone rimbalza in area di rigore ma nessuno riuscì a segnare .  Nella partita di ritorno partirono  da Catania più di mille  tifosi , direzione "S. Paolo" (foto accanto ricorda i tifosi atletisti) momenti indimenticabili ma non si riuscì nell' impresa e il Savoia vinse la gara per 1 - 0.

L' estate del 1997 si tinge di giallo , a fine luglio quando ormai il tecnico Morinini aveva accettato la riconferma il giorno prima della firma di contratto scompare insieme al D.S. Nucifora .......... destinazione Avellino . Franco Proto , altamente deluso dal comportamento di gente che riteneva onesta , affidò la panchina per il campionato 1997/98 al tecnico Rosario Foti . Quindi fù affidato all' ex tecnico dell' Acireale il difficile impegno di riscattare la grande delusione per il mancato salto in serie B , una grossa responsabilità che nonostante l' ottimo impegno del tecnico la squadra , per mezzo campionato , non riuscì ad uscire dalla bassa classifica  . Arrivò l' esonero di Rosario Foti e il presidente Proto richiamò in panchina Paolo Lombardo ; inizia l' ennesima miracolosa risalita ed arrivano a Catania nuovi giocatori : Giovanni Sulcis (Cagliari) , Davide Bombardini (Reggina) ; Salvatore Nobile ; Fabio Pittilino (Udinese) ed in porta entra titolare Marco Onorati . La squadra del capitano Pietro Infantino si trasforma e risale pian piano la classifica ed a fine stagione batte per 3 - 1 (con un gran goal di Bombardini) la Ternana , seconda in classifica imbattuta da 32 turni , ed ottenne l' ingresso ai play/off per la seconda volta consecutiva raggiungendo il 5° posto . Negli spareggi si dovette però fare i conti di nuovo con la forte Ternana del tecnico Luigi Del Neri ed il primo duello  davanti ad un Cibali  (foto accanto) con 20.000  spettatori finì 0 - 0,  nella gara di ritorno , dopo diverse polemiche per un rigore negato a Bombardini, l' attaccante Borgobello regala la vittoria per 1 - 0 alla Ternana trascinandola verso la finale poi vinta.

Nel 1998/99  il presidente Franco Proto instaura un accordo con l' Inter ed arrivano a Catania giovani promesse come : Luca Facchetti e Sergio D' Autilia (ma entrambi si dimostrarono non all' altezza) , ritorna il direttore sportivo Enzo Nucifora e l' Atletico disputa un discreto campionato suggellato però da diversi esoneri : il tecnico Paolo Lombardo visto l'ottimo finale di campionato fù riconfermato ma successivamente (e ingiustamente) esonerato , venne chiamato in panchina un grande ex giocatore del Milan Pietro Paolo Antonio Virdis , al suo esordio come tecnico . Arrivarono anche nuovi rinforzi : gli attaccanti Ciccio Pannitteri (Messina) e Firminio Elia (Crotone) ed il difensore Claudio Grimaudo , però sul finire del campionato si ebbe un rischioso calo in classifica ed a solo 4 gare dalla fine , raggiunta una posizione critica in classifica , Franco Proto litiga con Virdis e lo esonera . Il direttore Nucifora  chiama in panchina il bravo Pasquale Casale che riesce in poco tempo a salvare la squadra raggiungendo il 10° posto finale. In questa altalenante stagione si vide una autentica coppia di goal , Pannitteri ed Elia , entusiasmarono i tifosi con tanti bellissimi goal , è stata sicuramente la coppia di attaccanti più prolifica mai avuta ; da ricordare anche la grande serietà di un giocatore esperto come Giacomo Modica che venne a Catania rinunciando di giocare in B con la sua Ternana.

Il penultimo campionato di C1 del 1999/00 è stato molto deludente e si concluse con la penultima posizione in classifica e si dovettero disputare i play/out poi vinti contro la Juve Stabia . Il ruolo di direttore generale era stato affidato ad una persona seria e preparata come il Dott. Claudio Tanzi . Tanzi però non condivise la gestione societaria da parte del presidente Proto , ed infatti a fine dicembre arrivarono le sue dimissioni . Furono fatti molti errori , il primo sicuramente fu la scelta del tecnico Gregorio Mauro che venne quasi subito esonerato . Il presidente Franco Proto chiamò in panchina il tecnico catanese Salvo Bianchetti , successivamente incaricò come nuovo direttore sportivo Andrea Mangoni  (che aveva già lavorato con Bianchetti nella Spal) . Arrivarono anche alcuni rinforzi : Alessio De Stefani (Bari) , Nathan Schiavon (Lucchese) e gli attaccanti Luca Dosi e  Gabriele Scandurra (Lucchese) . Tutto ciò non bastò e la squadra precipitò in fondo alla classifica , venne esonerato Bianchetti e il nuovo tecnico Rosario Picone riuscì nell' impresa di salvare una stagione fallimentare agganciando "per il rotto delle cuffie" l' accesso ai play/out . Nella prima gara contro la Juve Stabia  fù Ciccio Pannitteri a trascinare l' Atletico verso una vittoria pesante per 3 - 0 , la gara di ritorno finì 1 - 0 per la Juve Stabia e si raggiunse la salvezza . Da ricordare : le grandi parate di Marco Onorati , un leader come Massimiliano Farris , l' attaccamento alla maglia del capitano Pietro Infantino , la cattiveria del giovane La Marca , l' estrosità tecnica di Mirco Pagliarini e i goal di Ciccio Pannitteri (chiamato CiccioGol) .

L 'ultimo campionato di C1 2000/01 iniziò con grandi obbiettivi , vista anche la presenza nel medesimo campionato del Catania, e Franco Proto insieme a Enzo Nucifora (ritornato e perdonato dopo la fuga insieme al tecnico Morinini ad Avellino nell' estate del 1997) allestirono una grande squadra con in panchina il mister Adriano Cadregari . Era stata allestita una formazione completa in ogni reparto , arrivarono : in porta Stefano Anbrosi , in difesa Stefano Archetti , Pietro Assennato e lo sgusciante Francesco Tondo ; al centrocampo dal Livorno arrivò Giuliano Gentilini e dalla Roma Fabrizio Romondini ; in attacco l' attaccante Antonio Bernardi (Alzano) . Nonostante i buoni propositi la stagione iniziò male e finì peggio con la retrocessione in C2 dopo la perdita dei play/out contro la Lodigiani : infatti nella partita di andata vinse al Cibali la Lodigiani per 4 - 3 e nella gara di ritorno , al  Flaminio di Roma , la Lodigiani  vincendo per 2 - 0 guadagnò , a discapito dell' Atletico , la salvezza . Nel calcio la fortuna può essere determinante e se in determinate circostanze và tutto storto non sempre si riesce a salvare una stagione , quando poi giocatori fondamentali come l' attaccante Bernardi salta l' intera stagione per infortunio , o l' attaccante Moscelli , autore nelle prime partite di 8 goal , venne inspiegabilmente ceduto a Novembre . Tutto andò male ed ancora peggio finì nell' estate 2001 quando per gravi condizioni finanziare l' Atletico Ct. venne estromesso dalla serie C2 e costretto a ripartire dall' Eccellenza . L' Atletico Ct. venne letteralmente abbandonato dal comune di Catania , infatti  il sindaco Scapagnini e l' assessore allo Sport Paolo Di Caro non consegnarono il contributo che era stato già promesso e approvato dal consiglio comunale . Se il contributo sarebbe stato consegnato l' Atletico Ct. si sarebbe salvato perchè avrebbe chiuso con un minore passivo il bilancio e sarebbe stato iscritto regolarmente al campionato di serie C2 . Il contributo comunale si aggirava sui 300 milioni e veniva puntualmente consegnato ogni anno sia al Catania che all' Atletico , in base alla categoria di appartenenza .